Van oudsher heeft het Meisjesweeshuis als doelstelling het verlenen van (financiële) hulp aan kinderen die dat, naar het oordeel van het bestuur, nodig hebben. Die hulp kan rechtstreeks of door tussenkomst van andere instanties of organisaties worden geboden. 

Bij oprichting van de stichting ging de eerste aandacht uit naar ouderloze Hervormde Apeldoorns meisjes die in de opvoeding verwaarloosd werden. In de huidige, veranderde samenleving is de hulp niet meer aan deze groep voorbehouden. Er wordt hulp geboden aan kwetsbare kinderen in binnen- en buitenland, waarbij er meestal een link bestaat met Apeldoorn, de Protestantse kerk en/of de oorspronkelijke doelgroep. 

De leden van het bestuur van het Meisjesweeshuis hebben zich tot opdracht gesteld om kinderen en jongeren tot 18 jaar nieuwe kansen te bieden door het financieel ondersteunen van creatieve voorstellen van burgers of instellingen ter verbetering van de positie van deze jongeren. Dit heeft geleid tot het instellen van de binnen Apeldoorn inmiddels bekende Jeugdprojectprijs. De stichting heeft verder nog een pand in beheer. Daarnaast verstrekt het bestuur jaarlijks, en alleen op eigen initiatief,een aantal kleinere giften aan organisaties, die werkzaamheden verrichten voor kinderen die binnen de bredere doelstelling vallen.